在南京注册公司时，首要任务是明确企业类型。有限责任公司（LLC）是初创企业的常见选择，其优势在于股东责任以出资额为限，风险可控。若计划融资或上市，股份有限公司（Ltd.）更为合适，但需承担更高的合规成本。个体工商户适合小规模经营，但无法以企业名义开展合作。外资企业需额外提交商务部审批文件，并注意负面清单限制。行业特性也影响类型选择，例如科技类企业可考虑“科技型中小企业”资质以享受政策优惠。
建议创业者通过南京市市场监督管理局官网查询不同企业类型的注册要求，或咨询专业代理机构。例如，从事教育培训需选择“营利性民办学校”，而文化传媒行业需申请《广播电视节目制作经营许可证》。部分行业如金融、医疗等存在准入限制，需预先取得资质才能提交注册申请。若经营涉及多领域，建议注册时扩大经营范围描述，但需避免使用模糊表述导致审核驳回。
名称核准与商标保护
公司名称需符合《企业名称登记管理规定》，通常由“行政区划+字号+行业+组织形式”四部分组成。南京企业名称中的行政区划可冠以“南京”或“江苏省”，若需不含行政区划（如“XX集团有限公司”），则注册资本需达5000万元以上。字号部分应避免使用禁用词汇，如“国家级”“最佳”等绝对化用语，同时需通过全国企业信用信息公示系统预先核验是否重复。
名称核准后应及时申请商标保护。南京市知识产权保护中心提供快速预审服务，商标注册周期可缩短至6个月。建议覆盖核心业务类别及关联类别，例如餐饮企业需注册第43类（餐饮服务）和第30类（食品加工）。若字号已被他人注册为商标，可能面临侵权风险，需在核名前通过中国商标网进行交叉检索。
注册资本设定与出资方式
2014年公司法改革后，南京实行注册资本认缴制，理论上1元即可注册公司。但需注意：部分行业（如劳务派遣、金融）仍有最低实缴要求；注册资本过高可能影响融资估值；认缴期限一般不超过20年，到期未实缴需办理减资。建议结合业务合同规模设定，例如工程类企业通常需500万以上以满足招标门槛。
出资方式包括货币、实物、知识产权等。以非货币出资需提交评估报告，例如专利技术需经具备资质的评估机构定价。若股东以南京房产出资，需办理产权过户及税费缴纳。外资企业需注意外汇管理局对跨境出资的监管要求，需在银行开设资本金账户并办理结汇手续。
注册地址合规性审查
南京市允许“一址多照”，但同一地址注册企业不得超过5家。办公场所需提供产权证明及租赁合同，若使用虚拟地址，需选择经南京市场监管局备案的集中登记地。江宁区、江北新区等开发区提供免费注册地址，但要求企业实际经营地需在南京范围内。需警惕虚假地址风险，市场监管部门会通过实地核查或邮寄信函方式验证地址真实性。
特殊行业对场地有更高要求，例如餐饮企业需提供环保审批证明及消防验收报告，医疗美容机构需符合《医疗机构基本标准》的用房面积规定。跨境电商企业若申请保税仓，需在综保区内租赁符合海关监管要求的仓储设施。
税务登记与发票管理
营业执照领取后30日内需至税务机关办理登记。南京推行“一窗通办”服务，可同步完成增值税、企业所得税等税种认定。小规模纳税人季度销售额不超过30万元可免征增值税，但需注意连续12个月累计超500万元将强制转为一般纳税人。税务UKey现已替代税控盘，可通过电子税务局免费申领。
发票申领需提交购销合同、银行账户信息等材料。南京试点区块链电子发票，餐饮、零售企业可申请开通。若涉及进出口业务，需办理出口退税备案，并参与海关AEO认证以提高通关效率。建议聘请专职会计或代理记账机构，避免因申报逾期被列入异常经营名录。
银行开户与资金管理
基本户需在营业执照注册地所属区开立，南京银行、江苏银行等本地机构审批效率较高。银行会核查实际办公场地、业务合同、股东背景等信息，反洗钱审查日趋严格。建议准备公司章程、股东会决议等全套材料，法定代表人需亲自到场办理。资本金账户需在外汇管理局备案，跨境收付款需提交真实性证明材料。
企业网银应设置分级审核权限，建议采用物理U盾+短信验证双重认证。南京部分银行提供税务、社保代扣代缴的自动划款服务，可避免滞纳金风险。大额现金交易（单笔5万元以上）需在柜台提前预约，并说明资金来源用途。
人力资源与社保合规
劳动合同需采用南京市人力资源和社会保障局制定的标准文本，试用期约定不得超过法定期限（合同期1年以上3年以下不得超过2个月）。社保缴纳基数按上年度平均工资的60%-300%确定，2023年南京社保最低缴费基数为4494元。可通过"江苏省人社网上办事大厅"办理人员增减员操作，公积金开户需同步办理。
招聘环节需注意平等就业原则，避免性别、地域等歧视性条款。保密协议与竞业限制协议需明确补偿标准，南京地区通常为离职前12个月平均工资的30%。劳动争议建议优先通过南京市劳动人事争议仲裁委员会调解，仲裁时效为1年。
持续合规与年度维护
企业需每年1月1日至6月30日通过国家企业信用信息公示系统提交年报，未按时公示将面临最高1万元罚款。南京市场监管部门对注册资本实缴情况、经营范围合规性进行动态抽查，建议保留完整财务凭证备查。公司章程修改、股权变更等事项需在30日内办理工商备案。
需注意有效期，例如食品经营许可证有效期为5年，高新技术企业认定需每3年重新评审。建立合规台账系统，记录税务申报、合同履行、劳动纠纷等关键节点。可订阅南京市企业服务中心的政策推送，及时获取税收优惠、补贴申报等信息。
